惠空法師自學佛出家以來，即留心遄觀經論，並以「永嘉禪法」自修，雖因宿來關心佛教教團發展，多年來努力於僧教育、青年學佛運動和復興大陸佛教的推動，在法務繁忙之際，仍不忘出家人唯有禪修一途才是了生脫死、圓成菩提的正途。故八十四年接任慈光寺後，決定籌設一所禪宗專修的僧教育機構，即現今的慈光禪學院和慈光禪學研究所，於籌備期間，八十五年四月，慈光寺舉辦第一屆四十九天禪七。同年，禪學院於九月份成立後，在學院的課程規劃中，每學期打一次四十九日的禪七，所以當年的十二月份隨即進行了第二屆的禪七。於是從八十五年開始，慈光寺每年春冬兩次四十九日禪七，標幟著對禪修的堅持與提倡。多屆禪七下來，各方面的制度、規矩漸漸完備，能調和大眾不受干擾的用功，但畢竟慈光寺沒有正式的禪堂，因陋就簡的借用大雄寶殿，在規矩上也考量現前的環境因緣而有些隨宜的修訂。

　　四十九天禪七是「慈光禪學院」每學期課程的重點，由於因緣殊勝難得，特別開放給四眾弟子一同來共修。學院師生是禪七的主要成員，除全程參與四十九天禪七外，還負責禪七期間大部分的職事。至於外來的法師、居士，經過報名、同意，可參加一期、數期，乃至全程禪七。每個七從週日起七至週六解七，參加者須於前一天（週六）下午報到；常住當日安排法師講解禪法和規矩，了解後，才能進禪堂用功。禪七期間，方法上或身心上有疑問，可在下香後向主七和尚請教；週六解七前，必須參與檢討會，向主七和尚報告用功過程或澄清方法，作為日後用功的針砭。

　　每屆起七之前，惠空法師總要特別強調──我不是開悟的明眼善知識，也不敢自稱為禪師；我是一位講經論的法師，但我對禪法好樂，留意於禪修理論，並開始實際在禪修上用功──這是一種坦然的心態，坦然面對自己，也坦然面對打七的佛子；因為承認不足，所以才更老老實實的堅持走下去。